Permite el análisis de superficies de las muestras de materiales con unos aumentos prácticos de 60.000x. En este modelo de microscopio, el haz de electrones, enfocado por las lentes electromagnéticas a través de una columna con alto vacío, se proyecta sobre la superficie de la muestra donde los electrones rebotan o provocan la emisión de electrones secundarios de la muestra. Estos electrones dispersados o emitidos son recogidos por unos detectores y proyectados sobre una pantalla de televisión que proporciona una imagen tridimensional del objeto.

La emisión de radiaciones en la microscopía electrónica de barrido comprende un amplio espectro de rayos X que evaluados por un detector específico proporcionan una completa información de la composición química de los objetos. Este análisis espectométrico de rayos X, simultáneo con la observación estructural, suministra una información cualitativa y cuantitativa de la composición elemental de la muestra. De este modo se obtienen mapas de distribución de elementos químicos sobre la imagen del objeto.

La microscopía electrónica de transmisión se basa en un haz de electrones que manejado a través de lentes electromagnéticas se proyecta sobre una muestra muy delgada situada en una columna de alto vacio. El haz de electrones atraviesa la muestra, que ha sido contrastada con átomos pesados, y se pueden dar dos situaciones básicas: que los electrones del haz atraviesen la muestra o que choquen con un átomo de la muestra y terminen su viaje. De este modo se obtiene información estructural específica de la muestra según las pérdidas específicas de los diferentes electrones del haz. El conjunto de electrones que atraviesan la muestra son proyectados sobre una pantalla fluorescente formando una imagen visible o sobre una placa fotográfica registrando una imagen latente. Este equipo permite evaluar detalladamente las estructuras físicas y biológicas proporcionando unos 120.0000 aumentos sobre la muestra.